Основное отличие заключается в организации, которая проводит экспертизу. Государственную экспертизу выполняют государственные учреждения, а негосударственную — аккредитованные экспертные организации, включенные в государственный реестр.
Заключение негосударственной экспертизы имеет такую же юридическую силу, как и заключение государственной экспертизы, если законодательством не предусмотрено обязательное прохождение государственной экспертизы. При этом негосударственная экспертиза часто позволяет сократить сроки рассмотрения проекта, получить персональное сопровождение и быстрее устранить замечания экспертов.